Departamento Hospitalar e Pronto-Socorro
Compreende a Divisão Técnica de Saúde com: Seção de Serviços Sociais; Divisão de Pronto Socorro; Divisão de Apoio Diagnóstico; Divisão de Administração com: Seção de Administração Hospitalar; Divisão de Apoio Administrativo e Serviços Gerais com: Seção de Projetos Especiais e Sessão de Apoio Administrativo; Divisão de Almoxarifado e Controle de Materiais com: Seção de Almoxarifado. e Seção de Controle e Distribuição de Materiais e Equipamentos.

Departamento de Vigilância à Saúde
Compreende a Divisão Técnica de Vigilância Sanitária com: Seção de Fiscalização e Orientação a Saúde.

Vigilância Epdemiológica compreende a: Seção de Imunização e Zoonose; Núcleo de Atenção ás Vítimas de Violência de Itanhaém (NAVVI); e laboratório municipal.

Departamento de Atenção Básica e Especializada à Saúde

Divisão de Apoio Administrativo e Serviços Gerais

Divisão de Almoxarifado e Controle de Materias